Anders als in den Zwischenlagern der anderen E.ON Kernkraft-Standorte werden in Stade keine abgebrannten Brennelemente deponiert. Hier werden ausschließlich schwach- und mittelradioaktive Abfälle aus Rückbau und Betrieb der Anlage eingelagert. Dieses Lager dient als Zwischenlager bis ein Endlager des Bundes zur Verfügung steht. Das Zwischenlager wurde 2007 in Betrieb genommen.